微信付款时扣零钱通的步骤如下：首先确保零钱通账户里有足够的零钱余额；在微信上选择需要支付的对象，进入付款页面，在“付款”页面中选择“零钱”方式支付。

如果您的微信钱包中余额不足，会弹出提示框，提示您是否使用零钱通余额进行支付，选择“是”后输入支付密码即可完成付款，金额将从零钱通中扣除。如果您有需要的话，还可以在“钱包”中进行零钱通余额的充值。