小区业主自发设立门禁是否合法，需要根据具体情况来判断。一般来说，业主在自己的房产内安装个人门禁系统是合法的，因为这属于业主对自己不动产的合法权利1。然而，如果业主在安装门禁系统时需要改动公共部分或影响其他租户的正常生活，那么业主需要获得物业或其他所属管理机构的批准1。此外，门禁系统不能违反法律法规，例如泄露他人信息等1。

如果业主私自配小区门禁卡，可能会被视为违法行为，可以按照扰乱公共秩序进行罚款2。这是因为私自配门禁卡可能会影响到其他业主的正常生活，或者用于盗窃或其他犯罪行动做准备23。

总的来说，小区业主自发设立门禁需要遵守相关法律法规，不能侵犯他人的合法权益，也不能用于违法活动。如果业主的行为符合这些要求，那么设立门禁是合法的。反之，如果业主的行为违反了这些要求，那么设立门禁就是违法的。