可以支持mSATA启动硬盘。

因为惠普3399主板的硬盘接口有SATA和mSATA两种，而mSATA是支持启动的，因此主板可以支持mSATA启动硬盘。

需要注意的是，在BIOS设置中需要将mSATA硬盘设置为启动优先级较高的硬盘，才能成功使用。

延伸内容：mSATA硬盘是一种小型化的硬盘，可在很小的空间内存储大量数据，广泛用于超极本和一些嵌入式设备中。

而启动硬盘则是计算机系统中负责启动操作系统的硬件，可用于提高系统启动速度和运行效率。